口腔医学系建立于1985年,开始招收三年制口腔医学大专生，1989年开始招收本科生。经过二十年的建设和发展，已逐步形成了明确的办学指导思想和办学思路。1995年，学院口腔门诊部成立。2000年，利用教育贷款将口腔门诊部改建成为具有现代水平的门诊部，2002年通过省卫生厅审批在原门诊部基础上筹建口腔医院。2003年，口腔临床医学硕士点审批获得通过。2004年11月，随着原兰州医学院并入兰州大学，在原口腔门诊部和口腔系的基础上，先后成立了兰州大学口腔医院和口腔医学院。至今，口腔医学院已为甘肃省培养了约300余名合格的口腔专业医师，成为集教学、科研和医疗于一体的特色学科单位，是甘肃省高等口腔医学教育、科研及医疗的中心。